在著名作家曹文軒看來，《窗邊的小豆豆》主人公既不是小豆豆也不是小林校長，而是「教育」，「從小說的開始到結尾問題都是教育，小林校長代表先進的教育理念。」儘管巴學園被無情的戰火銷毀，但曹文軒認為，巴學園是永遠的。

「幸福的童年可以治癒一生」。作為剛上了第一所小學就被勒令退學的小豆豆，黑柳徹子認為家長們應該富有愛心地去觀察孩子，好好跟每一個孩子相處，信任他們，看到他們的優點，讓孩子的個性得到充分發揮，使他們一生都可以從童年當中汲取營養，未來更加閃亮，「孩子做了錯事也不要生氣，不要動不動就對孩子們發火。」

每當有人表揚黑柳徹子「你是很懂孩子的」，她就會非常開心，「我的確也是懷着這樣的心情寫下了《窗邊的小豆豆》。」她堅信心情很重要：如果想着「我要有一顆永遠純潔的心」，你真的就可以成為一個心靈純潔的人。

曹文軒認為，《窗邊的小豆豆》中，「窗邊」是非常重要的意象，表達了這個孩子是一個獨特的、甚至是有一點孤獨的孩子，會用其特有的角度看待這個世界，「如果把『窗邊』去掉，小說一半的觀感就沒有了。」

「個性是世界上最寶貴的，成功的教育應該是讓所有個性都得到非常好的保護，直到他離開這個世界。」曹文軒希望家長和教育工作者們行動起來，保護好孩子的個性，讓知識的陽光和雨露終身與他為伴，讓孩子們的個性成為高質量的個性。