華僑積極參與（見上表），為中國抗戰作出足以改變抗戰歷史的重大貢獻的同時，也被日軍視為「眼中釘、肉中刺」。1942年，為配合東南亞戰略，日軍出兵侵佔了新加坡、馬來西亞、緬甸等諸多東南亞國家，佔領伊始便展開對當地華僑的屠戮報復。

以新加坡為例，1942年2月18日至3月4日，日軍針對在新「抗日」分子進行系統性的清洗和屠殺，其中華人，特別是讀書人尤為是日本軍方的目標。這場被史學界稱為「肅清大屠殺」的反人類事件，雖然在戰後被日本政府承認，但其規模一直未有定數。日方聲稱，死亡人數不超過 6,000 人。但日本學者戶谷由真於2015年出版的《1945-1952年亞洲及太平洋地區的正義：盟軍戰爭罪起訴》一書稱，當時日軍作戰參謀部高級官員下達了要殺死 50,000名華僑的命令。

新加坡首任總理李光耀本人就是上述「肅清大屠殺」的經歷者，他曾表示可核實的死亡人數達到「約 70,000 人」（含馬來西亞）。

1962年，日軍於新加坡「肅清大屠殺」的萬人坑被發現，新加坡國民要求政府向日索賠並要求日本正式道歉。1966年10月25日，日本政府最終同意償還5,000萬新元的賠款，其中一半為贈款，其餘為貸款。然而和對待「慰安婦」制度受害者的態度一樣，日本未有正式道歉，且避免使用「損害賠償」或「賠償」等詞語，同時拒絕對大屠殺承擔法律責任，包括對事件進行官方調查。