抗日戰爭期間，中央醫院曾先後遷址武漢、長沙、貴陽、重慶和廣州等地，1945年9月抗戰勝利後遷回南京。1949年由解放軍接管，1986年11月更名為南京軍區南京總醫院。2018年11月，組建成為解放軍東部戰區總醫院，醫教研實力在內地大型綜合性醫院中名列前茅。

「榮第1644部隊」總部大樓現為東部戰區總醫院全軍腎臟病研究所與全軍普通外科研究所，「一科」大樓為東部戰區總醫院機關辦公樓。

曾在「一科」大樓裏辦公3年的原南京軍區南京總醫院政治協理員章建新回憶，這座大樓在1949年之後加蓋了一層，成為原南京軍區總醫院的綜合樓。一層有軍需倉庫、婦產科實驗室，存放婦產科試驗器材等；二層有計算機室、繪圖室、醫學攝影室，朝北的那一面房間全是計算機房；三層有消化科實驗室、血液科實驗室等；四層為醫學圖書館和病案室。2002年底，大樓內部重新裝修，搬進醫院機關：一層為院務部，二層是醫務部，三層是院辦，四層是政治部。