防範「基孔肯雅熱」　深企研發基因測序儀助力多地疾控破譯病毒全貌

（香港文匯網記者 郭若溪）近日，「深圳造」T1+基因測序儀助力疾控系統對4例基孔肯雅病毒樣本進行測序溯源其測序覆蓋度均高於99.9%。為多地疾控提供硬核支撐，成功破譯病例樣本基孔肯雅病毒全貌，實現精準溯源。據悉，其中2例感染的病毒屬於基孔肯雅東中南非型（ECSA分型），另外2例感染的病毒屬於基孔肯雅亞洲型（Asian分型）。

世界衞生組織專家在7月22日就蚊媒傳播疾病基孔肯雅熱發出警報，提醒各國做好應對準備，避免疫情大規模暴發。

據了解，基孔肯雅熱在中國以輸入性病例為主，防範關鍵在於防蚊滅蚊、鎖定源頭、控制傳播。第一時間確認輸入病例來源，能夠支持疾控、海關等相關部門快速、精準、有效地制定防控策略，守護市民健康。

深圳華大智造科技股份有限公司生物技術高級經理王逸叢介紹，T1+基因測序儀是全球首款可在24小時內產出Tb級別數據的桌面式測序儀，也是目前全球桌面式Tb級別基因測序儀中速度最快的機型之一，具有準確、快速和高通量的特點。

「值得一提的是，其中1例極低病毒載量的樣本，採用T1+基因測序儀進行宏轉錄組測序也獲得了全長序列，展現了面對突發疫情時，T1+基因測序儀快速、高通量的性能結合宏基因組測序方法的溯源兜底能力。」王逸叢說。

除深圳疾控之外，T1+還助力完成基孔肯雅病毒溯源報告在各地疾控陸續輸出，高效捕獲病毒序列，支持疾控部門快速、精準、有效地制定防控策略。

據悉，基孔肯雅病毒屬披膜病毒科甲病毒屬，病毒顆粒呈球形，有包膜，直徑60—70nm，只有1個血清型。病毒基因組為單股正鏈RNA，全長約11.8kb，內含單一可讀框依次編碼4種非結構蛋白和5種結構蛋白。

根據病毒基因組遺傳進化分析，可分為3個基因型，分別為西非型、東中南非型和亞洲型，其中東中南非型病毒突變形成的印度洋分枝（IOL）的病毒株，更易於經白紋伊蚊叮咬傳播。

基孔肯雅病毒型別多樣、突變位點多，傳統的溯源方法為細胞培養後進行Sanger測序需要耗時數周，並且面對低病毒載量樣本時細胞培養法成功率較低，2017-2019年廣州40例輸入病例中，僅5株成功培養（Ct＞30時成功率＜20%）。同時，基孔肯雅病毒培養需要生物安全三級實驗室環境，傳統方法不適用於基層疾控、一線海關口岸。

相比傳統方法，宏基因組測序技術「免培養、廣譜篩查、全基因組解析」的特性，使其成為應對新發突發傳染病溯源工作的關鍵技術。