在西安國家版本館，馬英九饒有興致地觀賞了明抄本《使琉球錄》，這是記錄釣魚島及其附屬島嶼屬於中國版圖的最早版本著述。馬英九說，這是研究釣魚島的人一定要讀的，從古籍裏證明釣魚島不屬於琉球。

在參觀途中，館方人員介紹《使琉球錄》，也就是明代冊封使陳侃在明朝嘉靖13年（西元1534年）到琉球冊封國王，歸來時在福建寫成的書。書中明確記載台灣之餘，還提到「九日，隱隱見一小山，乃小琉球也。十日，南風甚迅，舟行如飛，然順流而下，亦不甚動。過平嘉山，過釣魚嶼，通黃毛嶼，過赤嶼，目不暇接，一晝夜兼三日之路。夷舟帆小，不能及，相失在後。十一日夕，見古米山，乃屬琉球者，夷人鼓舞於舟，喜達於家。」

馬英九對此表示，這是我們研究釣魚島的人一定要讀的，從古籍裏證明了釣魚島不屬於琉球。他提到這樣的資料自己在英國牛津大學也看過，他呼籲館方要做好收藏功能、並建議一定要開放外界使用。

馬英九相當注重釣魚島主權的論述，1974年2月，馬英九赴美國深造，他在哈佛大學的國際法博士論文跟釣魚島有關，題為《怒海油爭：東海海床劃界及外人投資之法律問題》。1986年，他在《從新海洋法論釣魚台列嶼與東海劃界問題》一書中引述了大量的國際司法判例及國際條約，指證了釣魚島是中國領土的法理依據。2015年他曾投書媒體，強調釣魚島列嶼在公元1403年（明永樂元年）《順風相送》書中即有記載，清代文獻也多次提及，顯然我漁民經常使用且清廷早已有效統治，絕非日本所稱「無主地」。