截至7月21日晚8時，南京祿口國際機場保潔、地服等重點人員核酸採樣檢測全部完成。南京市江寧區全員核酸檢測已完成採樣148萬人，覆蓋77%左右的常住人口。其餘各區全員檢測有序展開。病毒基因測序結果初步鎖定感染來源，為流行病學調查溯源提供了有力支撐。

據央視新聞報道，南京市委市政府要求，以最快速度、最堅決態度、最果斷措施，切斷傳播鏈條，防止疫情擴散蔓延。7月21日起，南京市對全市常住人口、來南京人員開展全員核酸檢測。各類人員離開南京前須提供健康碼綠碼及48小時內核酸檢測陰性證明。

7月20日，南京祿口國際機場工作人員定期核酸檢測樣品中檢出陽性9份。截至7月21日19時，南京市共檢出本土確診病例9例、本土無症狀感染者8例。