1946年5月至1948年11月，遠東國際軍事法庭（又稱東京審判庭）對二戰日本甲級戰犯進行審判，美國以豁免731成員戰爭責任為條件，獲得731部隊大量人體實驗、細菌戰的數據資料。包括石井四郎、北野政次等731部隊成員全部被免予起訴。而曾有奉天戰俘營經歷的美國士兵和軍官，亦被要求不能透露任何信息。「我研究了731的細節，感到非常恐懼。」奉天戰俘營倖存者、25號澳大利亞戰俘德斯蒙德·布倫南之女麥琪·布倫南說，「我不知道美國人允許731的成員逃避戰爭罪繼續過正常的生活，會付出什麼代價，但我認為美國人民應該了解731的活動，並意識到他們的國家從中獲利。」
日本宣敗美即控制七三一
1945年8月15日，裕仁親讀《終戰詔書》宣布日本無條件投降，731部隊被就地解散，除部分核心成員可以搭乘專機撤離外，其他人則被安排乘坐火車前往韓國釜山，再轉回日本。俄羅斯聯邦安全局8月19日發布的解密文件顯示，731少校醫官加藤恒則稱，進入朝鮮的日籍人員和全部設施，均處於美軍的控制之中。加藤還稱，他看到了一些731部隊的內部資料，這些資料記載了731部隊做的各種實驗，包括由吉村和松本負責的凍傷實驗、二木負責的淋病實驗、野口和高橋負責的炭疽炸彈實驗、原羽負責的毒氣實驗。
美俘避談奉天戰俘營經歷
日宣敗半個月後，奉天戰俘營被解放，但飽受日軍731部隊人體實驗折磨的美國戰俘卻對該經歷隻字不提。奉天戰俘營倖存者、439號美國戰俘凱西·T·巴澤維克的兒子小凱西·巴澤維克接受香港文匯報採訪時表示，自己就未聽過父親說過在奉天戰俘營中的遭遇。凱西·T·巴澤維克的情況並非個案。即便1982年和1986 年，美國眾議院分別舉行了兩次退伍軍人事務部小組委員會會議，多名歐美戰俘回憶有關日軍於奉天戰俘營中進行人體實驗的目擊與經歷，相關信息也是在2003年才開始逐步公布。
事實上，美軍在二戰結束之前，就已經知道日軍在中國湖南和浙江等地實施了細菌戰的情況，戰後便將之作為秘密情報予以保護，香港文匯報新聞調查部根據美國國家檔案館已公開的731部隊檔案與《二戰日軍細菌戰檔案匯編》進行梳理，大致還原美軍與731相互勾兌的過程（見上表）。
美於東京審判中取得731核心數據
中國民間對日索賠聯合會的創始人、會長童增早前接受香港文匯報記者採訪時表示，「1994年底我在美國華盛頓見過當年東京審判的康納利檢察官，這位檢察官對當年的審判表示遺憾和歉意，他承認戰後東京審判時日本 731部隊的戰犯沒有被審判是得到了美國的庇護，其原因是戰後日本將所有 731部隊進行人體試驗和日軍發動細菌戰的檔案資料送給了美國。這就造成日本政府戰後一直不承認 731部隊和在中國各地實施細菌戰的戰爭罪行。」
美國學者肯尼思·波特在其專著《解密日本細菌戰歷史：軍醫中將石井四郎的故事》中寫道，以駐日盟軍最高統帥部指揮官麥克阿瑟將軍為代表的美國政府，密謀掩蓋石井四郎罪行並設法保護他，儘管美國收到了有關倖存者對石井四郎行為的準確報告，並且審問過石井四郎很長時間，也很清楚他的所作所為，但美國政府還是對這一切秘而不宣，以此換取生物武器部署和使用的研究資料。
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