香港大學新發傳染性疾病全國重點實驗室
2005年首個成立於香港特區，集監測與預警、基礎和臨床及應用轉化研究於一體的新發傳染性疾病全國重點實驗室。
香港大學肝病研究全國重點實驗室
憑藉其在肝臟疾病基礎科學及臨床管理和治療方面的優勢，將基礎研究與臨床實踐相結合，以提高肝病的預防、診斷和治療水準。
香港大學合成化學全國重點實驗室
專注於創新性高效可持續綠色催化、精準合成及功能分子基礎科學和跨領域研發，並以此推動先進材料科學和生物醫學的發展。通過創新研究，該實驗室不斷實現突破性進展，以協助解決國家在「雙碳」政策和生命健康、新藥研發領域的重大需求。
香港大學生物醫藥技術全國重點實驗室
聚焦代謝性慢病的基礎研究及相關大分子藥物的開發與臨床應用。
香港大學光量子物質全國重點實驗室（新增）
融合光子學與二維材料，研發量子與超構材料，聚焦超快過程與拓撲結構，助力粵港澳大灣區科技創新。
香港中文大學轉化腫瘤學全國重點實驗室
與全球二十多個頂級癌症研究中心合作，包括德薩斯大學安德遜癌症中心、Mayo Clinic、約翰霍普金斯大學、牛津大學、復旦大學和北京大學的相關單位；匯聚了不同學科的臨床專家和基礎癌症研究的人才，針對區內常見的癌症，尤其是鼻咽癌、肝癌和胃癌，進行了深入研究，探察它們的分子基因、信號傳遞途徑和臨床診斷，並開發新的治療方案。
香港中文大學農業生物技術全國重點實驗室
願景是成為傑出的中國國際科研中心，提升農業科學技術至世界領先水準，提高農業生產力，以保障國家糧食安全和改善人民膳食營養結構。 以現代生物科技加上農民及育種家的傳統智慧，實驗室致力創造知識及開發新技術及產品、培養高質素科研人才；同時面向世界，加強國際科研合作與交流，從而協助提高中國，以至世界農業的技術儲備及生產力。
香港中文大學消化疾病研究全國重點實驗室
主要以中國人常見的消化道腫瘤、消化道潰瘍出血、慢性肝病、炎症性腸病等消化病為研究重點，集中進行基礎醫學、轉化醫學和臨床應用等方面的廣泛深入研究，致力提升消化道腫瘤和其他消化道疾病診治水平。
香港中文大學量子信息技術與材料全國重點實驗室（新增）
聚焦於鑽石量子感測技術的發展，及其在凝聚態物理、生物學、能源材料與器件開發中的應用；利用新型量子干涉儀進行高精度量子計量，應用場景包括長基線干涉望遠鏡、太空量子通信、太空遙感與導航；結合拓撲量子態理論、人工智能材料搜尋、冷原子模擬實驗、量子模擬的集成光子平台，以及新型超導材料研究，探索用於量子資訊處理的量子材料系統；並發展應用於光量子計算、量子通信、量子感測與神經計算的集成光子器件。實驗室亦將積極推動國際合作，並培育量子科學與技術領域的年輕人才。
香港科技大學神經系統疾病全國重點實驗室
前身為分子神經科學國家重點實驗室，是香港首個分子神經科學領域及科大首個國家重點實驗室。實驗室開展前瞻性基礎和轉化研究，其代表性成果包括阿爾茨海默病血液診斷技術及全腦基因編輯系統，並獲得多項科研經費與跨院校合作計劃。實驗室於2025年2月順利完成優化重組，新方向聚焦神經疾病機理、診療手段及新技術開發，整合跨學科團隊與人工智慧技術，推動成果轉化及人才培養。
香港科技大學顯示與光電子全國重點實驗室
致力推動新一代光電技術、人工智慧、先進位造的創新發展，以滿足國家在相關領域的關鍵需求，並有效益地向國內高科技工業界技術轉移，以及三地科創規劃及人才培養交流。 實驗室於2025年2月獲批過渡為「顯示與光電子全國重點實驗室」。 重組後的研究主題將包括：基於鈣鈦礦的光電材料和器件，有機發光器件，量子點LED（QLED）和納米棒，增強現實（AR）和混合現實（XR），3D顯示，基於薄膜晶體管的柔性感測器，有機太陽能電池， 以及超寬頻半導體。
香港理工大學、香港科技大學合建沿海城市氣候韌性全國重點實驗室（新增）
為應對氣候變化和災害風險，實驗室以國家和全球發展戰略為導向，聚焦韌性城市建設和災害管理，提升沿海地區基礎設施韌性，以科學應對氣候變化帶來的挑戰。其主要研究範圍包括沿海城市極端天氣事件預測與復合氣候災害風險分析、基礎設施氣候韌性發展與極端天氣災害防控，以及沿海復合氣候災害風險感知預警與應對管理政策等，為國家和區域的社會安全與可持續發展提供堅實的科研保障。
香港理工大學超精密加工技術全國重點實驗室
面向國家戰略需求，致力於超精密微納加工技術的基礎研究和應用開發，重點研發超精密加工機理、先進加工工藝、精密測量技術以及相關加工裝備，並積極推動跨學科應用轉化，培養高水平創新人才，推動產業升級。實驗室主要研究範圍包括研發原子尺度製造、能場協同超精密加工、突破10納米級玻璃增材製造等前沿技術；開發超精密加工高端裝備及智能精密測量儀器，並滿足半導體製造和智能檢測需求；研發下一代原位智能三維表面測量技術及儀器；以及拓展超精密加工技術在航天航空、深空探索和新能源等領域的應用。
香港城市大學太赫茲及毫米波全國重點實驗室
2008年成立，通過天線、晶片、成像、微波光子學、通感一體化及光電材料及器件等前沿研究與跨學科合作推動第六代無線通訊的發展。
香港城市大學海洋環境健康全國重點實驗室
重組改名前為海洋污染國家重點實驗室，於2010年成立，聚焦新污染物監測治理、海洋生態健康評估及修復技術，加強生物多樣性保育，支持生態文明建設及可持續藍色經濟發展。
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