據浙江省文物考古研究所資深研究員王明達介紹，玉琮王出自反山遺址的12號墓。1986年初夏，按照制定的發掘方案，浙江省文物考古研究所反山考古隊進駐余杭縣（現余杭區）長命鄉雉山村，對反山西端布了10×10米的6個探方。
大雷雨來臨前，文保員陳越南從下挖的坑內清出一塊粘有小玉粒和漆皮的土塊，當時王明達彎腰看了一眼，忙從高處「跳」到坑中，從裝土的土箕上折下一段竹片，順着剛才取土塊的邊緣小心地剔去一小塊土，又露出朱紅色的漆皮和很多小玉粒。「但這還不能說明問題，於是我又用竹片輕輕地撥，終於發現了一個圓環狀的白色器物，能看出一點點玉的顏色，我心想：『這下可逮着了。』這就是後來出土的編號97號玉琮。 」王明達回憶道。
最終，反山遺址12號墓共出土6件玉琮，玉琮王就位於墓主頭部附近，其餘5件玉琮大小、高低、節數稍有區別，出土於墓主胸腹位置。這也是浙江考古工作者第一次發掘到良渚文化的高等級墓葬。
反山發掘推動良渚文化研究
「我們認為反山亦應是一處重要的良渚文化墓葬，即『土築金字塔』」 王明達在申請反山發掘計劃時這樣寫道。
事實證明，發掘出玉琮王的反山王陵的確產生了多個「最」：其是已知良渚文化遺址中出土玉器數量最多、品種最豐富、雕琢最精美的一處高等級墓地；反山12號墓是迄今發現良渚文化最高等級墓葬，如果以單件計算，隨葬品數量多達658件，其中玉器以單件計共647件（不含玉粒和玉片）。反山墓葬地營建規模之大、隨葬品之豐厚、玉器之多而精，還沒有任何一處良渚文化墓葬超過它。
此前良渚文化在中國眾多的考古學文化中並不「顯眼」。1986年11月，為紀念良渚遺址發現50周年，「良渚文化學術討論會」在杭州召開，全國各地代表們參觀了發掘現場和出土的大批文物。北京大學考古系嚴文明教授認為，反山的發掘把良渚文化推上了考古學科前沿。
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