教宗方濟各在同性戀議題及性小眾平權問題上較為開放，他支持民事伴侶制度，在天主教中可謂非常突破之舉。他的表態受到同性戀天主教徒歡迎，也備受宗教保守派質疑。方濟各亦被指包庇涉及性侵罪行的神職人員。2018年，傳媒披露方濟各早於2015年收到一名智利受害者致函，信中詳述他遭到神父侵犯，以及其他神父如何掩蓋罪行，涉嫌包庇的神職人員包括其後被任命為智利奧索爾諾主教的巴羅斯。方濟各曾稱針對巴羅斯的指控純屬誹謗，但最後推翻自己的說法，派遣梵蒂岡特別檢察官到智利調查，事件一度成為方濟各當時擔任主教5年來面臨的最大危機。